In plaats van de reguliere, papieren Eindtoets kunnen scholen ook deelnemen aan de Digitale Eindtoets. Verder heeft Cito een digitale editie van de Eindtoets ontwikkeld voor leerlingen met een leerachterstand (Niveautoets en NiveautoetsPlus). Voor dyslectische leerlingen, leerlingen met NLD en voor visueel gehandicapte leerlingen zijn er aangepaste versies van de opgavenboekjes van de Eindtoets beschikbaar.